據山東省環保廳廳長張波介紹，截至目前，南水北調東線一期工程山東段控制單元治污方案確定的324個治污項目全部建成投運，21項南水北調截污導流工程全部通過竣工驗收。工程運行后每年可消化中水2.06億噸，削減COD(化學需氧量)近5萬噸、氨氮3000多噸，增加農田有效灌溉面積200萬畝。
南水北調東線山東段治污工程自2002年開始實施，工程涉及山東的９個市，涵蓋南四湖、東平湖、沂沭河、省轄海河等流域。10年來，山東為這一系統工程耗資超過100億元。為保證調水水質，工程沿線掀起了強勁的治污風暴，僅“十一五”期間，山東省南水北調沿線就淘汰落后的工業產能，其中造紙90多萬噸、水泥6000萬噸、酒精21萬噸、印刷2億米，沿線工業企業達標排放率超過97%。沿線拒批、緩批高耗能高污染企業500多家，涉及投資近200億元。
今年2月1日至3日，國家水專項辦公室組織專家對南四湖水專項進行課題驗收。“南水北調東線南四湖水質綜合改善方案及支撐技術與示范”等3個課題全部通過任務驗收及財務驗收，以侯立安院士為組長的驗收組給3個課題均打出了85分以上的高分。
從水質情況看，與東線治污規劃基準年2002年相比，截止到2012年底山東調水沿線黃河以南段22個考核斷面，高錳酸鹽指數和氨氮濃度分別下降74.6%和91.8%。輸水干線上東平湖及韓莊運河等9個測點已基本達到地表水三類標準。
早在2010年，山東省境內59條重點污染河流就已全部恢復常見魚類穩定生長，全省水環境質量總體上恢復到1985年以前的水平。
目前，中國北方最大的淡水湖——南水北調東線工程山東省境內重要必經之地南四湖的水質也得到明顯改善，棲息的鳥類達200多種，其中包括白枕鶴、大天鵝等國家級珍禽，絕跡多年的小銀魚、毛刀魚、鱖魚等再現南四湖，白馬河也發現了素有“水中熊貓”之稱的桃花水母。
據張波介紹，南水北調山東段治理污染，用循環經濟理念，創造性地制定了中國第一個流域性水污染物綜合排放標準，同時探索出了一條“治、用、保”的流域綜合治理思路。
“治，就是一切排污單位按照流域排污標準達標排放，引導和督促排污單位達到常見魚類穩定生長的治污水平。用，就是建立區域再生水循環利用體系，減少廢水排放。保，就是大力建設人工濕地水質凈化工程，建設人工濕地和生態河道，構建沿河環湖大生態帶，努力提升流域環境承載力。”張波說。
此外，山東省嚴格落實治污目標責任制，逐級簽訂了治污目標責任書，明確了責任人，沿線各市政府也分別與有關部門簽訂治污目標責任書，并于2007年1月1日正式實施《山東省南水北調工程沿線區域水污染防治條例》。
截至目前，山東省輸水干線沿線的排污口已進行了全面關閉和清理，并嚴禁在輸水干線上設立新的排污口。所有廢水排放單位在排污口建設生物指示池，外排廢水達到常見魚類穩定生長的水平再排向環境。
山東省級財政安排1億元生態補償資金，引導建立漁業污染防治長效機制，共清理取締和改造投餌圍網、網箱約31萬畝。在重要排污口下游、支流入干流處、河流入湖口建設表面流和潛流人工濕地，調水沿線已建成人工濕地面積14.6萬畝，修復自然濕地面積16.3萬畝。
據國務院南水北調辦消息，南水北調東線一期工程將于2013年第三季度正式通水。
